La terza serie animata Pokémon vede Ash, Misty e Brock che si avviano per attraversare la regione di Johto. Dopo aver incontrato il Professor Elm e conquistato 2 medaglie, consegnano la sfera GS, da consegnare inizialmente al Professor Oak, a Franz, un esperto nel comportamento di utilizzo delle Poké Ball e creatore di esse con delle specialità uniche.
Questa serie è, a detta di molti, la più noiosa della storia dei Pokémon, dato che sono presenti più del 60% di episodi non inerenti alla trama principale.